قصه سریال پایتخت ۶ با فوت بابا پنجعلی آغاز می‌گردد و روح پنجعلی در سریال حضور دارد و اعضای بدن او اهدا می‌گردد. بهبود فریبا پس از سال‌ها به ایران باز می‌گردد اما ماجراهایی برایش پیش می‌آید که فهمیه را از شوهر سابقش دلسرد می‌کند. بهتاش که در فصل ۵ بیکار و آس و پاس بود حالا دروازه بان تیم فوتبال نساجی مازندران شده است و سیاسی شدن نقی معمولی شخصیت اصلی قصه یکی از دیگر جذابیت‌های سریال است…